공장주변 등의 해충 방제는 예방적 방법, 기계적 ㆍ 물리적 또는 생물학적 방법 등에 따라 실시한다.

방제가 충분하지 않을 때는 허용된 살충 물질을 사용할 수 있으나, 유기식품의 유기적 순수성이 훼손되지 않도록 해야 한다.

제조설비 중 식품과 직접 접촉하는 부분에 대한 세척, 소독 및 살균은 먹는 물 및 물질목록에 허용은 가공보조제를 이용할 수 있으며, 이들 세척 등에 사용된 물질은 유기식품에 함유되어도 된다.

세척제 ㆍ 소독제를 시설 및 장비에 사용하는 경우 유기적 식품의 유기적 순수성이 훼손되지 않도록 조치하여야 한다.