유기가공식품에 대한 인증을 신청한 자는 식품산업진흥법에서 규정한 제반사항을 준수해야 한다.

5% 미만의 유전자변형농산물(GMO) 사용은 허용된다.

인증 유효기간이 종료된 후 3년간은 그 가공품을 인증품으로 표시할 수 있다.

친환경농산물의 인증을 받아 유기가공식품을 생산하고자 하는 자는 유기가공식품에 대한 인증을 별도로 받을 필요가 없다.