토양 미생물은 세균, 사상균, 방선균, 조류 등이 있다.

세균은 토양 미생물 중에서 수(서식수/m²)가 가장 적다.

방선균은 다세포로 되어있고 균사를 갖고 있다.

사상균은 산성에 약하여 산도가 5이하가 되면 활동이 중지된다.