기체크로마토그래피는 분석시료의 휘발성을 이용한다.

고성능액체크로마토그래피는 분석시료의 용해성을 이용한다.

기체크로마토그래피의 분리기전은 이온배제, 이온교환, 이온분배이다.

기체크로마토그래피의 이동상은 기체이고 고성능액체크로마토그래피의 이동상은 액체이다.