실리카겔은 극성을 띠고 흡습성이 강하므로 습도가 높을수록 파과 되기 쉽다.

실리카겔은 극성물질을 강하게 흡착하므로 작업장에 여러 종류의 극성물질이 공존할 때는 극성이 강한 물질이 극성이 약한 물질을 치환하게 된다.

파라핀류보다 물의 극성이 강하며 따라서 실리카겔에 대한 친화력도 물이 강하다.

시리카겔의 강한 극성으로 오염물질의 탈착이 어렵고 추출 용액이 화학분석의 방해물질로 작용하는 경우가 많다.