환경부장관은 관리업체의 온실가스 감축 목표의 설정ㆍ관리 등에 관하여 총괄ㆍ조정기능을 수행한다.

환경부장관은 목표관리의 신뢰성을 높이기 위하여 필요한 경우에는 부문별 관장기관의 소관 사무에 대하여 종합적인 점검ㆍ평가를 할 수 있다.

환경부장관은 관리업체의 온실가스 감축 및 에너지 절약 목표 등의 이행실적, 명세서, 신뢰성 여부 등에 중대한 문제가 있다고 인정되는 경우 단독으로 관리업체에 실태조사를 실시하여야 한다.

부문별 곤장기관은 소관 부문별로 목표의 설정ㆍ관리 및 필요한 조치에 관한 사항을 관장하되, 관리업체의 목표가 국가 온실가스 감축목표의 세부 감축 목표에 부합하도록 하여야한다.