1차 계획기간에는 할당대상업체별로 할당되는 배출권의 전부를 무상으로 할당한다.

2차 계획기간에는 할당대상업체별로 할당되는 배출권의 100분의 90을 무상으로 할당한다.

3차 계획기간 이후의 무상할당비율은 100분의 90 이내의 범위에서 이전 계획기간의 평가 및 관련 국제 동향 등을 고려하여 할당계획에서 정한다.

계획기간에 할당대상업체에 유상으로 할당하는 배출권은 할당대상업체를 대상으로 경매 등의 방법으로 할당한다.