목표관리를 위한 기준연도는 관리업체가 최초로 지정된 연도의 직전 5개년으로 하며, 이 기간의 연평균 온실가스 배출량을 기준연도 배출량으로 한다.

기준연도 기간 중 신ㆍ증설이 발생한 경우 해당 신ㆍ증설 시설의 기준연도 배출량은 최근 2개년 평균 또는 단년도 배출량으로 정할 수 있다.

관리업체는 합병ㆍ분할 또는 영업ㆍ자산도 양수 등 권리와 의무의 승계 사유가 발생된 경우, 변경사유 발생 후 90일 이내에 제3자 검증이 완료되어, 수정된 명세서를 부문별 관장기관에게 제출하여야 한다.

환경부 장관은 기준연도 배출량이 재산정된 경우 변경사유 접수 60일 이내에 배출허용량 등 목표를 수정하여 관리업체 및 센터에 통보하여야 한다.