코오지 단백질은 코오지균의 프로테아제에 의하여 아미노산으로까지 분해하여 구수한 맛을 내게 된다.

코오지의 주성분인 전분이 코오지곰팡이의 아밀라아제에 의하여 덱스트린 및 당으로 분해된다.

당의 일부는 세균에 의하여 유기산을 생성한다.

알콜발효에 의하여 에테르가 생겨 된장의 향기를 이루게 된다.