온돌바닥이 땅과 직접 접촉하지 않는 2층의 경우에는 방수처리를 반드시 해야 한다.

방수처리는 내식성이 있는 루핑, 비닐, 방수몰탈로 하며, 습기가 스며들지 않도록 완전히 밀봉한다.

벽면으로 습기가 올라오는 것을 대비하여 온돌바닥보다 10cm정도 위까지 방수처리를 하는 것이 좋다.

방수처리를 함으로써 열손실을 감소시킬 수 있다.