광학 현미경에서는 시료 위의 정보를 전하는 매개 체로 빛과 전자를 동시에 사용한다.

광학 현미경은 매개체로 빛과 광학렌즈를, 전자 현미경은 매개체로 전자 빔과 전자렌즈를 사용한다.

전자 현미경은 전자선을 오목렌즈에 이용하고, 광학 현미경은 블록렌즈를 사용한다.

전자 현미경은 볼록렌즈에 전자선을 사용하고, 광학 현미경은 오목렌즈에 전자선을 이용한다.