국토교통부장관은 사회적ㆍ경제적 여건변화를 고려하려 5년마다 국토종합계획을 전반적으로 재검토하고 필요하면 정비하여야 한다.

시ㆍ도지사 등은 국토종합계획의 내용을 소관업무와 관련된 정책 및 계획에 반영하여야 하며, 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 국토종합계획을 실행하기 위한 소관별 실천계획을 구청장이 수립하도록 하여야 한다.

국토교통부장관으로부터 국토종합계획을 조정할 것을 요청받은 지방자치단체의 장이 특별한 사유없이 이를 반영하지 아니하는 경우에는 국토균형개발심의위원회에서 시민공청회를 실시하여 조정해야 한다.

국토교통부장관은 지방자치단체의 장이 행하는 국토계획 시행사업이 서로 상충되어 국토계획의 원활한 실시에 지장을 초래할 우려가 있다고 인정되어도 당해 계획을 조정할 것을 요청할 수 있는 권한은 없다.