위원장이 부득이한 사유로 직무를 수행할 수 없는 경우에는 위원회의 부위원장 중 환경부의 습지정책 총괄업무를 담당하는 고위공무원단에 속하는 공무원, 국토해양부의 연안습지정책 총괄업무를 담당하는 고위공무원단에 속하는 공무원의 순으로 그 직무를 대행한다.

위원회의 위원 중 위촉위원의 임기는 3년으로 하되, 연임할 수 있고, 보궐위원의 임기는 전임자의 잔임기간으로 한다.

위원회의 사무를 처리하기 위하여 위원회에 간사 1인과 서기 1인을 두며, 간사는 환경부의 습지보전사무를 담당하는 과장이 된다.

위원장은 위원 3인 이상의 요구가 있는 경우 회의를 소집하고 그 의장이 되며, 위원장이 회의를 소집하려는 때에는 회의 개최 5일 전까지 회의의 일시 및 심의안건을 위원회의 위원에게 통보하여야 한다.