생태자연도는 항공사진과 인공위성자료를 참고하여 자연생태계를 식생, 야생동식물, 하천습지, 지형경관의 4가지 부문으로 구분한 것이다.

생태자연도 등급을 평가하기 위한 기본 축적은 1:50,000이며, 최소면적은 62,500m²이다.

별도관리지역은 보전되는 지역 중 역사적, 문화적, 경관적 가치가 있는 지역이거나 도시의 녹지보전 등을 위하여 관리되고 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역이다.

식생보전 3등급에 해당하는 지역과 임상도 2영급 이상에 해당하는 지역은 생태자연도 2등급에 속한다.