하천생태계를 이루는 기본적인 요소는 하천에 유입되는 물질과 에너지, 하천 형태나 물의 흐름에 따라서 만들어지는 서식장소, 생물의 세 가지로 볼 수 있다.

하천의 생물 서식지는 하상 형태 및 물의 흐름과 관련이 깊으며 여울과 연, 부석대등은 수역의 대표적인 서식지이다.

부엽식물, 침수식물대로서 물 흐름이 고요하여 유량이 안정된 수역에는 개연꽃등의 침수식물과 말즘이나 검정말 등의 부엽식물이 번성하여, 이곳은 어류의 산란장소나 치어의 생육장소로 이용된다.

운반하던 퇴적물이 침전하여 물속에 퇴적지형을 이루고, 이 퇴적지형이 점차 수면 가까이로 성장하면 수초가 자라게 되고 이로인해 유속이 느려져 더 많은 퇴적물이 집적되는데 수면위로 드러난 것을 "하중도"라고 한다.