소독방법은 방류수역의 이수특성, 경제성, 효율성을 종합적으로 검토하여 선정한다.

염소계 소독방법 이외의 방법을 선정할 경우에는 THM 문제를 해소할 수 있는 대책을 강구하여야 한다.

오존 소독방법을 선정할 경우에는 잔여오존 해소대책 및 경제성 비교에 신중을 기하여야 한다.

자외선 소독방법을 선정할 경우에는 처리장의 시설 용량을 감안하여 시설비 및 유지관리비가 적게 소요되는 방식을 채택하여야 한다.