팬코일 유닛 내에 있는 팬으로부터의 소음이 있다.

각 실에 수배관으로 인한 누수의 우려가 있다.

유닛을 창문 밑에 설치하면 콜드 드래프트(cold draft)를 줄일 수 있다.

개별제어가 불가능하므로 부하특성이 다른 여러 개의 실이나 존이 있는 건물에 적용하기가 곤란하다.