어류의 배설기관은 콩팥과 아가미이다.

담수어류는 아가미에서 염분을 섭취하고 수분을 배설한다.

해산어류는 해수보다 낮은 체색을 유지하기 위하여 많은 양의 염분을 아가미에서 배설하는 염류의 배설 작용에 관여한다.

콩팥은 척추의 좌우 아래쪽에 뻗어 있는 두 상의 가늘고 긴 암적색의 기관으로 체강의 등쪽 벽에 위치한다.