자외선을 쬐면 물 속 미생물세포 속의 DNA를 비활성화시킴으로서 직접적으로 이들 생물을 죽인다.

물 속에 현탁되어 있는 용존 유기물량이 많으면, 자외선의 투과력이 감소하여 그 효과가 떨어진다.

오존발생기는 자외선을 쬐는 것보다 효과가 더욱 크나. 오존 처리된 배출수는 에어레이션을 시켜 여분의 오존과 산소를 배출시킨 다음 사육조로 보내야 한다.

수중에 남아있는 오존은 어류와 무척추동물에 직접 해를 끼치게 되며, 오존이 분해 될 때 형성된 산소는 물 속에서 과포화상태로 되어서 양식동물에 기포병을 일으킬 수 있다.