환급세액을 환급하는 방법은 일반 환급, 조기 환급과 경정 시 환급으로 나누어진다.

일반환급은 과세기간 단위로 환급하므로 예정신고기간의 환급세액은 환급하지 아니하고 확정신고 시 납부할 세액에서 차감한다.

일반환급의 경우에는 각 과세기간 단위로 환급세액을 확정신고기한 경과 후 15일 내에 환급한다.

사업설비(감가상각자산)를 신설, 취득, 확장 또는 증축하는 때에는 조기환급대상이 된다.