전자세금계산서를 발급하였을 때에는 전자세금계산서 작성 월의 익월 15일까지 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

법인과 직전연도 사업장별 공급가액 합계액이 3억 원 이상인 개인사업자는 반드시 전자세금계산서를 발급해야하므로 전자세금계산서 이외의 세금계산서를 발급한 경우 3％의 가산세가 적용된다.

전자세금계산서 발급의무가 있는 개인사업자가 전자세금 계산서를 발급하고 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하지 않은 경우 공급가액의 0.3％의 가산세를 적용한다.

전자세금계산서 발급세액공제를 적용받으려는 개인사업자는 전자세금계산서 발급세액공제신고서를 확정신고시만 제출할 수 있다.