일반과세자는 매출세액에서 매입세액을 차감하여 납부세액을 산출하나, 간이과세자는 공급대가에 업종별 부가가치율을 적용한 후 세율을 곱하여 납부세액을 산출한다.

일반과세자는 의제매입세액공제, 신용카드매출전표발급 등에 대한 세액공제, 매입세금계산서 등에 대한 세액공제가 적용되나, 간이과세자는 의제매입세액공제와 신용카드매출 전표발급 등에 대한 세액공제만이 적용된다.

일반과세자는 부가가치세 납부의무 면제제도가 없으나, 간이과세자는 일정 공급대가 미만 사업자에게 부가가치세 납부의무를 면제한다.

일반과세자 적용대상은 법인사업자와 개인사업자 모두 가능하나, 간이과세자 적용대상은 개인사업자만 가능하다.