배지를 입병 또는 입봉한 후 가능한 한 신속히 살균을 시작한다. 배지를 살균할 때 살균시간을 길게 할수록 완전하다. 배지의 양이 많아 가비중이 무거울 때는 가벼운 것 보다 초기의 온도 상승이 빠르나 110℃ 이상에서 오히려 늦어지고 배지의 수분함량은 많을수록 빨리 올라간다. 배지 살균을 위한 수증기 주입은 천천히 하도록 한다.