종균 저장 시 외기 온도와 동일하도록 관리한다. 종균은 빛이 들어오지 않는 냉암소에 보관한다. 곡립종균은 균덩이 방지와 노화 예방에 주의한다. 배양이 완료된 종균은 즉시 접종하는 것이 유리하다.