호밀 단백질은 밀가루 단백질에 비하여 글루텐을 형성하는 능력이 떨어진다. 밀가루에 비하여 펜토산 함량이 낮아 반죽이 끈적거린다. 제분율에 따라 백색, 중간색, 흑색 호밀가루로 분류한다. 호밀분에 지방함량이 높으면 저장성이 나쁘다.