종업원의 철저한 위생 관리만으로 2차 오염을 방지할 수 있다. 양질의 원료와 용수로 1차 오염을 방지할 수 있다. 농산물의 재배, 축산물의 성장 과정 중에 1차 오염이 있을 수 있다. 수확, 채취 어획, 도살 등의 처리과정에서 2차 오염이 있을 수 있다.